Вторым своим рождением Таганрог обязан императрице Екатерине Великой. В 1768 году, когда грянула новая русско-турецкая война, Турция ослабла в военном и политическом отношениях, а Российская империя, наоборот, набрала достаточно сил, чтобы продолжить дело Петра.
2 апреля 1769 года русские войска подошли к руинам Таганрога и приступили к возведению крепости. Дело облегчалось тем, что ее фундамент сохранился с петровских времен, поэтому Таганрог восстанавливали по изначальному плану застройки. Параллельно началось строительство Азовского флота. Машинный мастер Вильгельм Клевес за короткое время подготовил чертежи и модель землеройной машины, способной углубить Таганрогскую гавань до глубины 7 футов (чуть больше 2 м). Машина была изготовлена и доставлена в Таганрог. Гавань углубили, и в конце апреля 1771 года адмирал Алексей Сенявин сообщал в письме графу Ивану Чернышеву: «…вообразите мое удовольствие: видеть с 87-футовой высоты стоящие перед гаванью (Да где ж? В Таганроге!) суда под военным российским императорским флагом, чего со времени Петра Великого, то есть с 1699 года, здесь не видали…». Уже через несколько лет Таганрог начал расцветать благодаря торговле со многими странами, но особое значение он получил в 1783 году, после присоединения к России Крыма.
В 1818 году Таганрог впервые посетил император Александр I. Он ехал на юг из Санкт-Петербурга, чтобы поправить здоровье императрицы Елизаветы Алексеевны. Изначально ему советовали посетить с этой целью Крым, но император пожелал остановиться именно в Таганроге. Государь очень полюбил Таганрог и дал городу множество привилегий. Еще в 1805 году барон Балтазар фон Кампенгаузен был назначен Александром I губернатором Таганрога. Кампенгаузену удалось сделать очень много для превращения Таганрога в крупный административный центр, значительно его благоустроить и укрепить его положение как крупнейшего порта России. Он был не только талантливейшим градоначальником в истории города, но и одним из крупнейших администраторов Александровской эпохи, оставшийся в истории как редкий тип честного, неподкупного чиновника, во всех случаях руководствовавшегося интересами дела. По представлению Кампенгаузена указом императора Александра I к Таганрогскому градоначальству были присоединены города Ростов, Нахичевань и Мариуполь, а в июне 1808 года градоначальник был освобождён от подчинения административным органам Новороссийского края и подчинён непосредственно центральным правительственным учреждениям, ему было вменено попечительство над судоходством по Азовскому морю. Он преуспел на своем посту: был построен новый склон к гавани и новые склады для товаров, началось строительство каботажных судов для перевозки грузов в другие российские порты на Черном и Азовском морях, была открыта Навигацкая школа, появилось освещение улиц с помощью масляных фонарей, началось мощение и озеленение улиц. Был разбит Аптекарский сад, который со временем превратился в прекрасный городской парк, открыта первая мужская гимназия, построен коммерческий суд, открыта городская таможня. При Александре I Таганрог получил неофициальный статус культурной столицы Юга России. Так случилось, что император закончил свой жизненный путь именно в Таганроге в своем дворце в 1825 году.
В XIX веке Таганрог был не только крупным купеческим городом с богатой культурой. В то время там жил святой блаженный Павел Таганрогский. Родом он был из зажиточных дворян Стожковых Черниговской губернии. По достижении двадцати пяти лет Павел получил от своих родителей в дар долю наследства: около 300 душ крепостных и земельные угодья. Однако он отпустил своих крепостных на волю, имущество продал, а деньги раздал бедным. После этого он попросил благословения от отца совершить паломничество по святым местам.
Много лет Павел Стожков ходил по святым местам с обычной холщовой сумой за плечами, а затем поселился Таганроге. Он устроился обычным портовым грузчиком и разнорабочим у местных купцов. Его работодатели изумлялись не только его силе, но и твердости духа. Он никогда не пропускал церковные службы в местном Успенском соборе и был до такой степени благочестивым человеком, что молва о нем распространилась не только по всему городу, но и за его пределами. Павел обладал даром прозорливца, по его молитвам происходили исцеления болящих. После смерти Павла Таганрогского на его могиле построили часовню, которая стала объектом паломничества верующих со всей России и Малороссии.
В 1855 году, во время Крымской войны к Таганрогу подошла англо-французская эскадра. Это событие спровоцировало панику среди многочисленных торговцев, ведь в городе не было войск и артиллерии для отражения вражеского удара. Никто не ожидал, что неприятель сможет зайти так далеко в тыл. Англичане же надеялись взять Таганрог, лишив тем самым русскую армию базы материального обеспечения.
Расчет европейцев был верен, но горожане отказались капитулировать. Беззащитный, на первый взгляд, город оказался неприступной крепостью. Таганрог подвергся сильной бомбардировке, несколько ядер попали в собор во время всенощной. Был ранен священник, который продолжил службу, несмотря на обстрел. Под прикрытием артиллерии англичане высадили десант, который был сброшен в море солдатами гарнизона. Еще дважды неприятель высаживал десант для захвата города, и оба раза терпел поражение от горожан, взявшихся за оружие.
Поняв, что взять город не получится, англичане усилили огонь с кораблей. Однако местные жители не испугались. Ночью таганрогские рыбаки вышли в море на маленькой лодке и переставили с мелководья предупреждающие знаки. В результате, когда английская эскадра начала перегруппировку, английский пароход на полном ходу основательно сел на мель недалеко от берега. Утром жители города наблюдали, как англичане пытались спасти судно, накренившееся на борт. Казаки преодолели мелководье и взяли судно со всеми орудиями и снастями на абордаж. Англичанам пришлось спасаться бегством.
В 1887 году Таганрогскую губернию упразднили, и Таганрог вошел в территории Области войска Донского.
В советскую эпоху Таганрог из купеческого города превратился в город промышленный. Выросли заводы и фабрики, куда приезжали работать специалисты из других областей страны. Когда началась Великая Отечественная война, промышленные предприятия и культурные объекты Таганрога решено было эвакуировать, но сделать это полностью не удалось.
Враг с боями вошел в Таганрог 17 октября 1941 года. Оккупация сразу же началась с массовых расстрелов мирного населения. В городе был объявлен комендантский час. Начался голод. На принудительные работы в Германию было вывезено более 30 тысяч жителей.
Несмотря ни на что, запугать местное население не удалось. В черте города и его окрестностях действовали бойцы самой крупной на юге России подпольной организации. Каждый месяц подпольщики проводили операции против гитлеровцев: взрывали склады с боеприпасами, ломали немецкую технику, пускали под откос поезда с вооружением. 30 августа 1943 года Таганрог был освобожден войсками Южного фронта при активной помощи партизан и подпольщиков.
Современный Таганрог — это город-порт в Ростовской области, уютный провинциальный город с красивыми парками, аллеями и набережными. Центральный район украшают дома исторической застройки. Например, известный каждому таганрожцу как Дворец Алфераки, дом был построен в 1848-59 годах для Николая Дмитриевича Алфераки архитектором А.И. Штакеншнейдером (сегодня в нём находится музей — филиал Таганрогского государственного литературного и историко-архитектурного музея-заповедника). И сегодня этот дом, несомненно, является самым значительным зданием в городе, а в середине XIX века, когда он возвышался над окружающими постройками, он затмевал своей роскошью и великолепием всё вокруг. Или Дом Шаронова, построенный в 1912 году выдающимся русским архитектором Ф.О. Шехтелем (сейчас здесь Музей градостроительства и быта). Здесь есть каменная лестница, соединяющая Греческую улицу и Пушкинскую набережную, она — предшественница знаменитой Потемкинской. В 1823-м ее называли Депальдовской — она создавалась на деньги, завещанные местным купцом Герасимом Депальдо. В Таганроге можно увидеть самые старые в России солнечные часы — их установили на мраморной плите в 1833 году. На циферблате выгравированы цифры, вычисленные по специальной формуле: помимо обозначения времени, даны корректирующие поправки на каждый месяц. Имена многих известных людей связаны с этим городом. В Таганроге родился писатель А.П. Чехов, актриса Ф.Г. Раневская. Таганрог славится своим театром.
В 1999 году блаженный Павел Таганрогский стараниями почитателей его духового подвига был прославлен в лике святых. В день канонизации, когда в Никольский храм Таганрога были помещены мощи старца, над куполом церкви появилась сияющая радуга.